Los diagnósticos ambientales son caracterizaciones puntuales del medio físico, químico o biótico, tendientes a establecer el estado actual de un sistema impactado con relación a patrones nacionales o internacionales vigentes. A diferencia de los estudios de línea base en este se trata de evidenciar el grado de alteración ambiental por un suceso (antrópico o natural).

Los diagnósticos son requeridos en algunos proyectos relacionados con los recursos naturales y los ecosistemas. Colombia mediante el Ministerio de Ambiente y Desarrollo Sotenible (MADS) ha establecido las pautas y términos para la elaboración de Diagnósticos Ambientales específicos a algunos proyectos que pueden afectar al medioambiente marino. LA CSC realiza los diagnósticos en base a metodologías establecidas y a los requerimientos de la legislación actual.

Algunos estudios de este tipo adelantados por la coordinación son:

• Reconocimiento ambiental del área marina en cercanías de una barcaza de carbón sumergida. (C.I. PRODECO S.A., 1997- 1998).
• Evaluación del impacto causado por el derrame de fuel oil en el sector Vía Parque Isla de Salamanca. (C.I. PRODECO S.A., 2004-2005).
• Determinación de la penetración de la cuña salina ante el dragado del río Sinú. (DRAGADOS HIDRÁULICOS S.A., 2007- 2008).
• Plan de Mitigación y Compensación PMC de los efectos ambientales causados por el derrame de aceite de Palma en la Playas y Fondos Marinos de la Bahía de Taganga y Zonas Adyacentes. (TERMINAL DE GRANELES LÍQUIDOS DEL CARIBE, 2008- 2009).
• Diagnóstico geológico, geofísico, biótico y de caracterización de la calidad de las aguas y sedimentos del proyecto de definición del diseño de las playas entre el Hoyo Soplador y San Luis en San Andrés Isla. (UNIVERSIDAD DEL NORTE, 2009).
• Estudio granulométrico, de calidad de aguas, sedimentos y comunidades hidrobiológicas (bentónicas), en inmediaciones de la Sociedad Portuaria Río Córdoba, durante y después de la recuperación de la barcaza hundida en diciembre de 2010 (SOCIEDAD PORTUARIA RÍO CÓRDOBA (VALE), 2011).
• Caracterización ambiental en el área de interés en el bloque offshore Guajira #3, Caribe colombiano. (SHELL, 2013).
• Caracterización física, biológica y pesquera del área de influencia del proyecto de exportación de gas natural licuado (PEGNL). Fase II (PACIFIC RUBIALES ENERGY, 2013 – 2014).