El monitoreo ambiental se define como la observación del comportamiento de factores en el ambiente del tipo atmosférico, geológico, hidrológico o biológico. Las razones del monitoreo ambiental incluyen el descubrimiento de tendencias ambientales, la observación de variaciones a través del tiempo, la realización de comparaciones, la medición del éxito de un proyecto y la comprobación del cumplimiento de objetivos.

La frecuencia del muestreo que compone un programa de monitoreo, debe estar determinada por el uso de la información la cual debe permitir la organización de las observaciones en el tiempo.

En la Coordinación de Servicios científicos se han realizado estudios de monitoreo o seguimiento posteriores a la construcción o implementación de proyectos en áreas marinas en los cuales se evalúa la evolución de los impactos al medioambiente o a sus recursos; y otros con el objetivo de evaluar el éxito de las medidas de mitigación adoptadas en ciertas actividades.

Entre los estudios realizados de este tipo, se encuentran los monitoreo de impactos de exploración sísmica, perforación pozos exploratorios, tendido de tuberías submarinas, facilidades en zona costera, entre otros:

• Monitoreo de parámetros físico-químicos y comunidades macrozoobenticas en el área de influencia de la monoboya y línea submarina Terminal Pozos Colorados (Santa Marta). (ECOPETROL, 1994-1997).
• Monitoreo de la fauna macrobentónica del área de influencia del proceso de construcción de la línea submarina y la TLU2 en el Golfo de Morrosquillo. (Oleoducto Central S.A. (OCENSA), 1996-1997).
• Monitoreo de la fauna asociada a las raíces del mangle rojo en el área de influencia de la línea submarina en Golfo de Morrosquillo. (Oleoducto Central S.A. (OCENSA), 1996- 1997).
• Plan de seguimiento y monitoreo de la zona deltaico estuarina del río Sinú (Empresa Urrá S.A. E.S.P., 2000- 2014).
• Monitoreo de aguas marinas de la bahía de Santa Marta (SOCIEDAD PORTUARIA DE SANTA MARTA, 2003).
• Monitoreo de corales en el Golfo de Morrosquillo (ECOPETROL, 2005).
• Monitoreo ambiental en una zona industrial de Mamonal en la Bahía de Cartagena. (ARAÚJO IBARRA S.A, 2007-2008).
• Monitoreo de ecosistemas marinos de la Bahía de Portete (Puerto Bolívar). (CERREJÓN, 2009- 2010).