La Junta Directiva está conformada por los siguientes miembros:

• Representante del Ministro de Ambiente y Desarrollo Sostenible..
• Representante del Presidente de la República,investigador, científico de reconocido prestigio.
• Representante del Ministerio de Ciencia, Tecnología e Innovación (anteriormente "COLCIENCIAS").
• Representante de la Armada Nacional.
• Representante de las Corporaciones Costeras del Pacífico - Corporación Autónoma Regional del Valle del Cauca, CVC.
• Representante de las Corporaciones Costeras del Caribe - Corporación Autónoma Regional de los Valles del Sinú y San Jorge CVS. 
• Representante Universidades Privadas - Universidad de Bogotá Jorge Tadeo Lozano. 
• Representantes Universidades Públicas - Universidad de Nacional. 
• Representante Universidades Públicas- Universidad de Antioquia. 
• Representante de Organizaciones No Gubernamentales o instituciones privadas sin ánimo de lucro dedicadas a la investigación científica sobre temas objeto del Instituto - Conservación Internacional.